Origen del municipio
​El municipio tiene su origen en la corriente migratoria de pobladores, desarrollada a finales del siglo XIX y comienzo del XX, entre ellos procedentes de otros departamentos del país y algunas familias de Honduras en busca de tierras útiles para la actividad agropecuaria. Poco a poco, con la afluencia constante de inmigrantes y la inversión creciente el Valle de Yale, fue transformándose en un pueblo. La zona fue conocida durante un tiempo como "La Rinconada" después se llamó "La Placita" y más concretamente la plaza de Yale. Según afirman los historiadores Guerrero y Soriano en su monografía de Jinotega, se adopta la hipótesis de que YALÍ es una descomposición de la palabra "Yale" por significar en el mismo idioma Nahual Mexicano "Cumbre" lo que parece el origen más acertado de su nombre por estar esta población rodeada de predominantes alturas.
Fundación del municipio. Es durante el gobierno del General José Santos Zelaya que se crea el municipio, el entonces Valle de Yale, el 27 enero de 1908 y se bautizó con el Nombre de San Sebastián de Yalí a la cabecera del nuevo municipio, por ser los pobladores de esa época muy devotos del Santo.
Entre los eventos históricos se celebra su fundación en el mes de enero, coincidiendo con las fiestas patronales en honor al Santo Patrono “San Sebastián”.